Entkoffeinierter Kaffee beeinflusst die Gesundheit im Wesentlichen ähnlich wie herkömmlicher Kaffee, abgesehen von den anregenden Effekten des Koffeins. Untersuchungen deuten darauf hin, dass der Konsum von entkoffeiniertem Kaffee möglicherweise das Risiko bestimmter Krankheiten wie Typ-2-Diabetes, Parkinson und Lebererkrankungen reduzieren kann. Dennoch ist weitere Forschung erforderlich, um die genauen Zusammenhänge besser zu verstehen. Die positiven gesundheitlichen Auswirkungen werden derzeit vor allem auf den Gehalt an sekundären Pflanzenstoffen wie Polyphenole zurückgeführt, die auch in koffeinfreiem Kaffee vorhanden sind.

Es ist wichtig zu beachten, auf welche Weise das Koffein aus dem Kaffee entfernt wurde. Bei chemischen Verfahren besteht grundsätzlich das Risiko von Rückständen der Lösungsmittel. Allerdings liegen diese in der Regel bei Kontrollen unter den gesetzlich festgelegten Grenzwerten.